Dù các loại thịt công nghiệp tràn lan nhưng người Việt vẫn thích thịt gà, lợn bản địa, được nuôi bằng thức ăn không chứa chất kích thích tăng trọng, thuốc kháng sinh. Bởi vậy, khoảng 20% dân số vẫn chăn nuôi các giống bản địa - vốn có sức sống mạnh hơn nhưng chậm lớn hơn. Tuy nhiên, công tác bảo tồn nguồn gene đang đặt ra nhiều vấn đề trong bối cảnh biến đổi khí hậu nghiệt ngã.
Những năm đầu triển khai, chương trình Bảo tồn nguồn gene vật nuôi quốc gia mới ghi nhận 30 giống vật nuôi bản địa, nay đã tìm thêm được 70 giống. Trong đó, có những giống đặc sản mới phát hiện được khai thác tốt. Chẳng hạn như gà H’mông thịt đen, xương đen, có hàm lượng axít glutamic gấp 3 lần các loài gà khác nên thịt rất ngọt, hoặc giống bò H’mông có thịt mềm, thơm hơn cả các giống bò công nghiệp khác...
Việt Nam có rất nhiều giống và quần thể vật nuôi của các dân tộc, song do tập quán canh tác thay đổi, các giống xưa cũng có thể mất theo. Đơn cử như lợn ỉ mỡ, lợn lang hồng, lợn đen pha, gà Sơn Vi... đã mất giống.
Năm 2013, Bộ Khoa học và Công nghệ đã dựa vào các quy trình cơ bản của thế giới, phối hợp với các nhà khoa học và quản lý ngành chăn nuôi phát triển các quy trình riêng, ứng dụng vào điều kiện cụ thể của nước nhà để bảo tồn nguồn gene.
Việc áp dụng nhiều công nghệ mới và học cách thức quảng cáo hiện đại đã nâng vị trí gà Đông Tảo - một giống độc nhất vô nhị nhưng đã bị lãng quên - lên tầm vóc quốc tế. Các nhà khoa học Việt Nam cũng đã cùng với nhà khoa học Nhật Bản tiến hành tìm kiếm và nhân giống lợn đen bản địa vùng Mù Cang Chải không chứa nội virus để phục vụ công việc thay tạng người bằng tạng lợn.
Nhìn chung, công tác bảo tồn nguồn gene vật nuôi đã đi vào quy củ. Tuy nhiên, một số vấn đề cũng khó xử lý với cơ chế hiện tại, đó là ngân sách bảo tồn. Mặc dù việc khai thác các nguồn gene bản địa được bảo tồn mang lại lợi ích kinh tế rất lớn cho nông dân, nhưng hiện chúng ta không có cơ chế để đóng góp kinh phí cho quỹ bảo tồn. Vì vậy, cần đầu tư hơn nữa cho công tác bảo tồn nguồn gene nhằm góp phần cung cấp con giống cho hiện tại và tương lai.