Trong suốt hai thập kỷ tồn tại, Quỹ NAFOSTED chưa bao giờ hết chật vật để tìm ra một phương thức hoạt động dung hòa được sự khắt khe của các chuẩn mực quốc tế, tinh thần tự do của khoa học và việc buộc phải đáp ứng yêu cầu chặt chẽ của các khung tài chính quốc gia.