Mỹ tăng cường giải trình tự SARS-CoV-2 do lo ngại biến thể mới

Khi đó quốc gia này chỉ giải trình tự 0,36% trong số tất cả các mẫu virus thu thập được - quá ít để phát hiện sớm các biến thể hiếm gặp, có khả năng bùng phát nguy hiểm, và chuẩn bị chống lại chúng.

Nhưng hiện nay, trong bối cảnh số ca nhiễm COVID-19 ở Mỹ vượt quá 160.000 ca mỗi ngày - cao kỷ lục kể từ cuối tháng 1/2021 - các chuyên gia y tế công cộng Mỹ đang nghiên cứu nhiều hơn về di truyền học thay đổi liên tục của virus. Đến tháng 7, với khoản tài trợ 1,7 tỷ USD từ Kế hoạch Giải cứu, các nhà khoa học Mỹ đang giải trình tự 8,6% số mẫu virus thu được.

Mỗi tuần, nước này gửi hơn 40.000 kết quả giải trình tự đến kho dữ liệu trình tự gen virus quốc tế GISAID - theo Duncan MacCannell, người đứng đầu chương trình giám sát bộ gen tại Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh (CDC). “Chúng ta đang làm rất nhanh, tôi không nghĩ rằng có biến thể mới nào có thể vượt khỏi tầm mắt," Trevor Bedford, nhà sinh vật học tính toán tại Trung tâm Nghiên cứu Ung thư Fred Hutchinson, nói.

Hiện tại, kết quả giải trình tự hầu hết vẫn là biến thể Delta. Theo CDC, biến thể rất dễ lây lan này chiếm 99,1% các ca nhiễm COVID-19 ở Mỹ vào cuối tháng 8, so với chỉ 7,5% vào cuối tháng 5. Delta bùng lên chỉ trong nháy mắt, và có thể các biến thể khác cũng vậy, theo nhà sinh vật học Lauren Ancel Meyers thuộc Đại học Texas, Austin.

Ví dụ, vào tháng 7, một biến thể khác, Mu, đã bắt đầu chiếm 9% trong số 101 ca nhiễm được giải trình tự tại Trung tâm Y tế Jackson của Florida và Trung tâm UHealth của Đại học Miami. Mu được phát hiện đầu tiên ở Colombia, và nhanh chóng chiếm 69% số ca nhiễm ở đó, Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) đã tuyên bố đây là một biến thể cần quan tâm. Mu mang đột biến E484K, có khả năng giúp né tránh miễn dịch.

Nhưng hiện nay, Delta vẫn là biến thể chiếm ưu thế so với Mu. Tại các bệnh viện ở Miami “khoảng 97% là các ca nhiễm Delta”, nhà nghiên cứu bệnh học David Andrews của Đại học Miami cho biết. Ở Colombia, tính đến cuối tháng 8, Mu đã giảm xuống 63% trong khi Delta tăng từ 6% lên 19%. Trong các mẫu Andrews giải trình tự ở Miami, Delta “hầu như đã thay thế tất cả các biến thể khác". "Tôi dám cá rằng Delta sẽ trở thành tổ tiên chung của tất cả các biến thể virus trong vài tháng tới," Bedford nói.

Một số bang có thể vẫn chậm phát hiện biến thể mới. 19 bang giải trình tự dưới 2% số ca nhiễm. Oklahoma, chẳng hạn, chỉ có 1.617 trình tự - tương đương 0,3% số ca nhiễm. Tuy nhiên, ở hầu hết các bang, tỷ lệ mẫu virus được giải trình tự vẫn ở mức cao hơn so với hồi đầu năm. Wyoming là bang dẫn đầu, giải trình tự được 20% số ca nhiễm. Alexia Harrist, nhà dịch tễ học của bang, cho biết: “Phòng thí nghiệm của chúng tôi gần như giải trình tự mọi mẫu dương tính nhận được."

Tuy nhiên, vẫn còn nhiều vấn đề trong việc mở rộng quy mô giải trình tự virus ở Mỹ. Hệ thống chăm sóc sức khỏe vẫn phân mảnh, và các bang có các quy định khác nhau về chia sẻ dữ liệu, khiến các nhà khoa học bên ngoài khó phân tích dữ liệu.

Ngoài ra, Bedford cho biết cũng cần cải thiện việc kết nối các kết quả giải trình tự với dữ liệu bệnh nhân, tương tự ở Anh và Israel, để có thể phân tích các vấn đề như tỷ lệ các trường hợp vượt vaccine, tỷ lệ nhập viện do các biến thể khác nhau. Đây vẫn là những câu hỏi mà các nhà khoa học ở Mỹ rất khó trả lời.