Ngày nay, bia lager chiếm khoảng 90% số bia được bán ra trên toàn cầu; phần còn lại là bia ale được làm từ chủng men khác. Tuy thế, nguồn gốc của bia lager vẫn cònnằm trong bức màn bí ẩn.
Dẫu rằng các nhà ủ bia ở thế kỷ 17 không biết tới sự tồn tại của men, họ chú ý thấy loại hỗn hợp mới trộn này có những đặc tính thú vị: nó lên men mạnh mẽ như bia ale, đồng thời chịu được nhiệt độ lạnh hơn giống như bia đen vậy. Như vậy là họ có thể ủ một loại bia lager có mùi vị dịu nhẹ sớm hơn vào mùa xuân ở Northern Hemisphere, tại đây nhiệt độ giảm mạnh trong Thời kỳ Tiểu băng hà, từ khoảng năm 1300 tới 1850 CN. Cuối cùng, loại men làm bia mới này được gửi đi bằng xe ngựa tới Copenhagen, Đan Mạch.Tại đây, vào năm 1883, Emil Christian Hansen,một nhà nghiên cứu nấm tại Phòng thí nghiệm nghiên cứu Carlsbergđã tinh lọc loại men hỗn hợp và đặt tên nó là Saccharomyces pastorianusđể tôn vinh nhà hóa học người Pháp Louis Pasteur.
Chủng men được tinh lọc của Hansen đã làm nên một cuộc cách mạng trong việc sản xuất bia. Bởi từ đây các nhà ủ bia có thể làm ra loại bia lager chất lượng cao và ổn định từ mọi mẻ. Trước đó, các chủng men ngoài tự nhiên đôi khi sẽ làm nhiễm khuẩn hỗn hợp, khiến “bia biến chất” và gây rối loạn tiêu hóa. Men S. pastorianustinh lọc đã cải thiện tình trạng này và nó nhanh chóng thay thế các chủng men cũ. Cho tới ngày nay nó vẫn được sử dụng trong hầu hết loại bia lager. Vào thời đó, bia biến chất là một vấn đề phổ biến, và chủ hãng Carlsberglà Jacob Christian Jacobsen đã hào phóng chia sẻ miễn phí loại men tinh khiết cho các công ty sản xuất bia khác.
Một manh mối lớn về nguồn gốc của loại men này xuất hiện vào năm 2016 khi các nhà nghiên cứu so sánh di truyền của 120 chủng men làm bia lager và bia ale để dựng nên cây gia phả của chúng. Họ sắp xếp những chi tiết để tìm ra làm sao S. pastorianus,một chủng hỗn hợp, được hình thành khi hai loại men gặp nhau: S. cerevisiae từ bia ale làm từ lúa mì và S. eubayanus, dùng để ủ bia nâu làm từ lúa mạch và hoa bia. Sử dụng đồng hồ phân tử, họ đã ước tính rằng chủng lai này có nguồn gốc đâu đó ở khoảng giữa thế kỷ 16. Nhiều khả năng nó có nguồn gốc từ Bavaria, bởi vìS. pastorianustrong bia lager có các đoạn DNA từ men mẹ là S. cerevisiae, những đoạn này trùng khớp với chủng nấm men Bavaria.
Hứng thú với kết quả mới, các nhà khoa học tại Đại học Kỹ thuật Munich gồm nhà vi trùng học Mathias Hutzler, nhà hóa sinh quá cố Franz Meußdoerffer và nhà khoa học ủ bia Martin Zarnkow, đã sục sạo tìm kiếm những ghi chép lịch sử từ các nhà máy bia và sách bằng tiếng Đức cổ, quyết tâm tìm ra những manh mối cho biết hai loại men này đã được kết hợp ở đâu. Họ cũng tìm các mẫu men cổ trong mọi hầm ủ bia ở khắp vùng Bavaria, song men vốn có tiếng là không sống lâu và hiếm khi tồn tại lâu hơn vài năm nếu không được bảo quản đông lạnh.
Họ đã tập hợp lại các câu chuyện lịch sử và biết được rằng Công tước xứ Bavaria là Maximilian đã cướp được quyền ủ bia ale trắng làm từ lúa mạch từ gia đình quý tộc Bohemia vào năm 1602, sau đó đưa loại men này và một người thợ biết làm ra bia ale trắng tới hầm ủ bia Munich Hofbräuhaus. Tài liệu này lưu ý Hofbräuhauslà nơi ủ bia duy nhất tại Bavariavào đầu thế kỷ 17 có thể sản xuất ra được số lượng lớn bia ale trắng “được lên men nổi” – gọi như vậy là vì lớp bọt bia trắng hình thành trên hỗn hợp nhão trong bia. (Còn trong bia lager “lên men dưới đáy” thì quá trình lên men diễn ra êm hơn và nằm ở dưới đáy thùng.)
Vào tháng tư năm 1516, Công tước Wilhelm IV xứ Bavaria đã công bố Luật Bia tinh khiết (Reinheitsgebot), quy định những người làm bia chỉ được dùng nước, lúa mạch và hoa bia làm nguyên liệu chính để sản xuất bia, còn lúa mì được dự trữ lại để làm bánh mì khi lương thực khan hiếm trong những ngày mùa xuân lạnh giá. Luật này đã trở thành cốt lõi của Luật về độ tinh khiết của bia Đức. Cho đến ngày nay, nó vẫn ảnh hưởng đến việc sản xuất bia và trở thành quy định lâu đời nhất liên quan đến thực phẩm và đồ uống trên thế giới. Đối với các nhà sản xuất bia, quy định này đã đánh dấu sự khởi đầu cho một kỷ nguyên mới.
Từ năm 1602 tới năm 1607, các nhà ủ bia từ Schwarzachở vùng Hạ Bavariavà Einbeckở vùng Hạ Saxony cùng với các loại men của họ đã hoạt động sôi nổi ở Munich Hofbräuhaus, song giờ đây các loại men này không còn tồn tại nữa. Ghi chép cho thấy “các loại bia lên men nổi và bia lên men chìm được sản xuất cạnh nhau dưới một mái nhà”. Ở đó, nấm men S. cerevisiae từ bia ale trắng có thể đã trộn lẫn với nấm men S. eubayanus từ bia nâu để tạo thành S. pastorianus. Các thông tin lịch sử này trùng khớp hoàn toàn với giải mã di truyền.
Khi các nhà sản xuất bia hầu như chỉ sử dụng S. pastorianus để sản xuất bia lager, các loài men trên thế giới đã mất đi tính đa dạng. Nhà di truyền học Chris Hittinger của Đại học Wisconsin, Madison cho biết, một số nhóm nghiên cứu đang tạo ra các giống lai mới để hồi sinh những đặc điểm như gene cho phép S. cerevisiae lên men ở nhiệt độ cao hơn. Hittinger cho biết: “Có lẽ bạn có thể tiết kiệm chi phí cho năng lượng để ủ bia lager ở nhiệt độ lạnh. Như vậy loại bia được làm ra ở Thời kỳ Tiểu băng hà có thể trở thành thức uống phù hợp khẩu vị và tiết kiệm năng lượng trong thời hiện đại.”