Khoa học dù muốn tách ra khỏi tôn giáo như thời Hy Lạp để tự do phát triển cũng không thể được. Số phận của nó gắn bó với số phận của Kitô giáo, và phải lớn lên trong đó.
Các vị cha nhà thờ, những người có quyền lực nhất, ngay từ đầu chỉ muốn khoa học phụng sự đức tin, là người hầu gái của thần học. Khoa học không được theo đuổi cho mục đích riêng của nó, nhưng là để giúp ích cho sự diễn giải Kinh Thánh. Thánh Bonaventure (1221-1274) viết cả một luận thuyết cho rằng tất cả mọi nghệ thuật (arts), tất cả các ngành của tri thức, đều là những người hầu gái của thần học, nhằm củng cố đức tin và vinh danh Chúa.
Hai thế kỷ trước ông, thánh Peter Damian cũng cho rằng việc nghiên cứu thế giới thấy được bên ngoài có hai mục đích: đem lại cho chúng ta sự thiền định về bản chất tâm linh không thấy được của nó để chúng ta yêu và tô điểm thêm cho Chúa. Các môn học trong quadrivium giúp đạt được mục đích này. Tức là khoa học thế tục phải chịu quy chế của người hầu gái, chứ không phải ngược lại.
Bên cạnh nhiều tác phẩm về triết học, siêu hình học, lôgic học, đạo đức học, mỹ học, tâm lý học, chính trị học, ngôn ngữ học, hùng biện, âm nhạc… ông còn là nhà quan sát tự nhiên rất nghiêm túc và đam mê, từ vũ trụ cho đến các sinh vật, với các tác phẩm vật lý, sinh học, động vật học, làm thành hệ thống toàn diện của triết học phương Tây. Các nhà nghiên cứu hệ thống sau là sự lập lại của tấm gương ông, trong đó có những tên tuổi vĩ đại như Linaeus, Alexander von Humboldt, Darwin.
Platon (trái), Aristote (phải), từ bức tranh tường Trường học Athens của Raphael.
Aristote là biểu tượng của tinh thần học thuật đích thực và toàn diện của phương Tây. Ông là học trò của Plato ở Academy, và thầy của Alexander Đại đế. Người ta nói là sự “kết hợp của cái đầu mạnh nhất và con người mạnh nhất của thời đại”. Sau một thời gian dài vắng mặt, năm 335 Aristote quay lại quê nhà Stagira và thành lập trường Lyceum, trường tương đương với Academy của Plato. Chính ở đây ông viết những tác phẩm hiện còn tồn tại. Alexander mất năm 323, và năm sau, trước sự bài bác Macedon là quê hương của Alexander, ông phải trốn qua Chalcis trên một hòn đảo của Euboea, nơi ông mất cùng năm.
Dựa trên nhiều nguồn thông tin về các tác phẩm còn và mất của ông được nhắc tới, các nhà nghiên cứu đoán rằng Aristote đã phải viết tất cả 200 tác phẩm. Nhưng các nhà nghiên cứu chỉ tập trung vào 30 tác phẩm được xác nhận là đích thực do ông viết. Phải nói rằng nhờ Aristote và những tác phẩm đồ sộ, đa dạng của ông mà khoa học và tinh thần của nó mới thâm nhập vào châu Âu Kitô giáo, thúc đẩy và biến đổi học thuật. Thật không thể tưởng được thế nào về sự phát triển khoa học nếu không có Aristote.
Organon (công cụ) là tác phẩm quan trọng về lôgic của Aristote, gồm 6 tập Categories, Prior Analytics, De Interpretatione, Posterior Analytics, Sophistical Refutation, và Topics, đã ảnh hưởng lớn lên các nhà tư tưởng Trung cổ và sự phát triển của thần học, cũng như thống lĩnh lý luận khoa học hơn 2000 năm qua. [Đầu thế kỷ 17, Francis Bacon đã viết tác phẩm The New Organon, mượn tên Organon, để quảng bá cho phương pháp tiếp cận tự nhiên mới của ông.] Tuy Plato và Socrate bàn nhiều về lôgic, nhưng Aristote là người đã hệ thống hóa việc nghiên cứu môn này cho đời sau. Phép suy diễn quan trọng là tam đoạn luận (syllogism): Tất cả phụ nữ đều chết. Cleopatra là phụ nữ. Vậy Cleopatra sẽ chết.
Charles Darwin, sau khi nhận được như quà tặng từ Dr. William Ogle bản dịch của Parts of Animals (Các phần của động vật) của Aristote, đã gửi một lá thư cảm ơn đến Ogle vào ngày 22 tháng 2 năm 1882: “Ông phải để tôi cảm ơn ông về niềm vui mà quyển sách của Aristote đã đem lại cho tôi qua sự giới thiệu của ông”. Rồi Darwin viết tiếp:
“Tôi hiếm khi đọc cái gì gây sự quan tâm tôi lớn hơn (như quyển sách của Aristote), dù tôi chưa đọc hơn một phần tư quyển sách.
Từ những trích dẫn mà tôi thấy, tôi đánh giá cao về những công lao của Aristote, nhưng tôi không ngờ ông ấy là một con người tuyệt vời làm sao. Linaeus và Cuvier là hai vị thần của tôi, mặc dù với những cách thức khác nhau, nhưng họ chỉ là những cậu học trò của ông Aristote già thôi.”
Nhưng tình hình đổi khác vào thế kỷ 12 và 13, khi bộ tác phẩm đồ sộ của Aristote lần lượt được dịch sang tiếng La tinh. Từ 1200 đến khoảng giữa thế kỷ 17, tức 450 năm, các đại học châu Âu đều nhấn mạnh việc học lôgic và khoa học của Aristote. Những nỗ lực cấm đoán Aristote trong thế kỷ 13 đều vô hiệu. Hệ quả là giới thần học bị chia rẽ, một nhóm chống đối, một nhóm ủng hộ Aristote. Và người đại diện nổi tiếng nhất phái ủng hộ không ai khác là Thomas Aquinas.
Triết học bao gồm khoa học thế tục không thể mâu thuẩn với thần học hay đức tin. Siger ở Brabant, một nhà triết học có ảnh hưởng lớn, và đứng cùng phía với Aquinas, hay Boethius ở Dacia, cho rằng triết học tự nhiên của Aristote là chìa khóa không thể thiếu để hiểu vũ trụ, và nó độc lập với thần học, bằng hoặc hơn. Không những thế, một số nhà thần học có những đóng góp quan trọng cho khoa học và toán học.