Theo đó nhiều giải pháp được Bộ KH&CN hướng tới nhằm tăng cường thực hiện tự chủ của các tổ chức KH&CN theo tinh thần Nghị định 54/2016/NĐ-CP quy định cơ chế tự chủ của tổ chức KH&CN công lập. Đây chính là cơ sở để áp dụng được tính thông thoáng của việc tính chi phí nghiên cứu chủ yếu theo tiền công và chức danh nghiên cứu. Khi đó tiền công lao động của các cá nhân thực hiện nhiệm vụ sẽ được chuyển vào quỹ lương của tổ chức KH&CN. Việc sử dụng tiền công, tiền lương sẽ được đảm bảo và rõ ràng, không bị vướng các quy định của Luật Lao động.
Thực tiễn hiện nay, chỉ có ngành khoa học không có phụ cấp nghề. Do vậy, việc áp dụng Hệ số lao động khoa học có tính khuyến khích nâng cao thu nhập cho nhà khoa học như đã được áp dụng trong Thông tư 55 là một tiến bộ quan trọng. Theo đó, cán bộ khoa học khi làm chủ nhiệm nhiệm vụ cấp quốc gia được hưởng mức tiền công bằng 2,5 lần tiền lương ngạch bậc của chuyên viên cao cấp bậc 3 (tương đương 22,5 triệu/tháng).
Bộ KH&CN cũng sẽ sửa các yêu cầu trong thuyết minh, khắc phục tính cứng nhắc trong quy định về các thành viên tham gia nhiệm vụ ngay từ đầu, lâu nay làm hạn chế tính linh hoạt của tổ chức chủ trì và chủ nhiệm nhiệm vụ, giảm khả năng thu hút các nhà khoa học trẻ, có trình độ trong quá trình thực hiện. Đồng thời sớm xây dựng và ban hành định mức kinh tế kỹ thuật làm cơ sở cho việc xây dựng dự toán và thẩm định dự toán. Trong điều kiện cho phép sẽ nỗ lực đảm bảo độ chính xác cao trong đánh giá nhu cầu nguyên vật liệu cần thiết để triển khai nhiệm vụ.
Bộ KH&CN cũng sẽ tiếp tục nghiên cứu, sửa đổi quy trình về nghiệm thu đề tài, trên cơ sở đó phối hợp với Bộ Tài chính nghiên cứu, sửa đổi quy trình về thủ tục thanh quyết toán kinh phí đảm bảo phù hợp, đơn giản hóa thủ tục hành chính và đúng quy định của Luật NSNN, Luật chế độ kế toán về hóa đơn chứng từ thực hiện nhiệm vụ.