20 năm trước, Nhật Bản có 5 trường đại học trong top 100 thế giới trên xếp hạng ARWU của ĐH Giao thông Thượng Hải, dẫn đầu là Đại học Tokyo xếp thứ 19, và Đại học Kyoto xếp thứ 30. Nhưng giờ đây, hai trường này đều tụt hạng và ba trường còn lại rớt khỏi top 100.