Chương trình đề ra mục tiêu, đến năm 2025, số lượng doanh nghiệp thực hiện đổi mới công nghệ tăng trung bình 15%/năm. Các doanh nghiệp trực tiếp tham gia Chương trình Đổi mới công nghệ quốc gia có năng suất lao động cao hơn ít nhất 1,5 lần so với trước khi đổi mới công nghệ.