Các yếu tố dinh dưỡng trong đất như hàm lượng cacbon hữu cơ tổng số, hàm lượng bo, lân tổng số và kali tổng số có ảnh hưởng mạnh đến các đặc điểm về hình thái cũng như chất lượng của xoài Yên Châu.
Hầu hết diện tích đất trồng xoài Yên Châu có thành phần cơ giới từ thịt pha cát đến thịt, tỷ lệ cát mịn trong đất là khá lớn. Đất khá chặt, tỷ lệ đá lẫn ít, tầng đất dầy. Đất có phản ứng chua đến ít chua, riêng các loại đất phát triển trên magma bazơ và trung tính có phản ứng từ ít chua đến trung tính.
Tổng cation trao đổi và dung tích hấp thu trong đất chỉ đạt mức trung bình. Độ no bazơ từ trung bình đến thấp. Hàm lượng các nguyên tố dinh dưỡng tổng số (N, P, K) hầu hết ở mức trung bình đến thấp, tầng mặt cao hơn đôi chút, thường ở mức trung bình đến khá. Các nguyên tố vi lượng trong đất đều nằm trong ngưỡng cho phép.
Các khoáng vật trong cấp hạt sét chủ yếu là thạch anh (ngoại trừ đất đỏ vàng trên phiến sét và biến chất). Tỷ lệ thạch anh thường trên 50 %. Tỷ lệ các khoáng hỗn hợp như Montmorilonite - Vermiculite, Illite, Clorite, Feldspat hay Gotite thường chiếm 5 - 7 %; điều đó chứng tỏ đất đang biến đổi mạnh. Sự có mặt của Cancite cho ta thấy ở một vài vùng của Yên Châu bị ảnh hưởng của đá vôi, sét vôi hoặc dolomite từ Mộc Châu hoặc Sơn La.
Các yếu tố dinh dưỡng trong đất như hàm lượng cacbon hữu cơ tổng số, hàm lượng bo, lân tổng số và kali tổng số có ảnh hưởng mạnh đến các đặc điểm về hình thái của xoài Yên Châu. Đặc thù về chất lượng của xoài Yên Châu được quyết định chủ yếu bởi các yếu tố dinh dưỡng trong đất như hàm lượng Bo, độ ẩm đất, thành phần cơ giới, hàm lượng cacbon hữu cơ tổng số và kali tổng số.
Phương Thảo - Hương Trang (Cục Sở hữu trí tuệ)