Từ khi triển khai hoạt động tài trợ, hỗ trợ vào năm 2009, Quỹ NAFOSTED đã thành lập các Hội đồng khoa học (HĐKH) ngành theo nhiệm kỳ trong lĩnh vực KHTN&KT để thực hiện các hoạt động tư vấn, đánh giá khoa học.

Từ ngày 27/8/2019, Quỹ NAFOSTED sẽ chính thức đón nhận giới thiệu các nhà khoa học đủ điều kiện tham gia hội đồng khoa học 8 ngành KHTN&KT nhiệm kỳ mới từ cộng đồng khoa học qua hệ thống Quản lý Thông tin trực tuyến OMS cua Quỹ (https://www.nafosted.gov.vn/oms_ns/account/index.php). Sau khi kết thúc bình chọn vào ngày 13/9/2019, Quỹ sẽ tổng hợp kết quả giới thiệu từ cộng đồng khoa học và rà soát các thông tin đăng ký của nhà khoa học. Dự kiến, 8 hội đồng khoa học ngành mới sẽ ra mắt vào tháng 12/2019.

Hiện tại trong nhiệm kỳ 2017-2019, 8 hội đồng khoa học ngành với 72 nhà khoa học có uy tín và được cộng đồng khoa học đánh giá cao đã tham gia nhiều đợt xét duyệt hồ sơ tài trợ và có nhiều tư vấn, đóng góp cho các hoạt động của Quỹ, đặc biệt là các đợt xét duyệt giải thưởng Tạ Quang Bửu hằng năm.