Những sự thật về Ninja cũng vô cùng bí ẩn giống như hành tung của họ. Những sát thủ bí ẩn này còn được gọi với một cái tên khác là Shinobi, họ đã sống và hoạt động với một cuộc đời đầy bí ẩn và dường như mọi thứ về họ đều bị lịch sử che dấu.
Mặc dù những thông tin về họ rất ít và tồn tại nhiều dị bản, nhưng các chuyên gia về Ninja lại có chung một số quan điểm: Ninja là các chiến binh du kích bí mật, được cho là đã sống ở tỉnh Mie - khu vực miền núi của Nhật Bản trong khoảng năm 1487 và 1603.
Trong những năm tháng đen tối của lịch sử, Nhật Bản đắm mình trong những cuộc xung đột quân sự, các Shinobi được xem là những sát thủ chết chóc sử dụng những bí thuật và kĩ năng truy sát cực thượng thừa.
Tuy nhiên, ngay cả Stephen Turnbull - một chuyên gia trong lịch sử tôn giáo Nhật Bản, người đã công bố rộng rãi về văn hóa và lịch sử Ninja cũng cảm thấy rất khó để chứng minh quan điểm đó, nhưng ông vẫn luôn tin rằng Ninja thực sự tồn tại trong lịch sử văn hóa của Nhật Bản.
Trên thực tế, tất cả những truyền thống hay các câu truyện dân gian đều được sinh ra dựa trên những câu chuyện thực tế và Stephen Turnbull ghi nhận tất cả các liên kết có được từ truyền thống phát triển và lịch sử để tìm ra bí ẩn về các Shinobi.
Tỉnh Iga, nơi được cho là nguồn gốc của các Ninja, đây là vùng đồi núi hoàn hảo để ẩn nấp và thực hành các kỹ năng du kích.
Vài thập kỷ sau, khi các Ninja được cho là đã quay trở lại, các nhà sử học bắt đầu viết nhiều về họ, họ là ai, họ đã làm gì và họ đã ăn uống như thế nào.
Nhiều storytellers (những người kể chuyện) mô tả cách các Ninja ăn uống, họ tránh các thực phẩm có mùi (để lén theo dõi kẻ thù tốt hơn), chế độ ăn uống khắt khe giúp họ duy trì sự nhanh nhẹn, hoặc thậm chí họ còn sử dụng thực phẩm để gửi tin nhắn bí mật.
Cứ như vậy, một bức tranh sống động xuất về Ninja và chế độ ăn uống của họ cũng dần xuất hiện.
Một mộc bản thế kỷ 19 cho thấy một Ninja như chúng ta thường quan niệm về họ ngày nay.
Những mô tả hiện đại về Ninja thường cho rằng họ mặc pyjama, chạy khắp nơi trong bóng tối. Tuy nhiên, có nhiều người khác lại cho rằng thực chất họ xuất thân từ những người nông dân, nửa nông nghiệp, nửa Samurai, họ ăn uống giản dị như những người nông thôn.
Nhiều Ninja được cho là có nguồn gốc từ tầng lớp xã hội thấp hơn, Turn Turnbull viết trong một cuốn sách trước đó. Phương thức hoạt động và các bí thuật của họ trái ngược hoàn toàn với lý tưởng của các Samurai cao quý, họ luôn hành động trong bóng tối, có thể ẩn nấp trong nhiều ngày, xâm nhập lãnh thổ của kẻ thù hoặc làm gián điệp hoặc sát thủ.
Theo nhà nghiên cứu Makato Hisamatsu, từ trung tâm nghiên cứu Ninja của Đại học Mie, nếu Ninja ăn uống như những người nông dân thì họ có thể chỉ ăn hai bữa một ngày, thực phẩm của họ chủ yếu là kê, cám gạo, miso, rau và thực vật hoang dã.
Cũng có thể trong khẩu phần ăn hàng ngày của họ còn bổ sung thêm châu chấu, rắn và ếch, ông chia sẻ với tạp chí Aera của Nhật Bản.
Đây là một chế độ ăn uống cân bằng hơn so với ngày nay mặc dù côn trùng, bò sát và các loài lưỡng cư hiếm khi xuất hiện trong những phương pháp ăn uống lành mạnh lấy cảm hứng từ Ninja ngày nay.
Nhưng các văn bản có niên đại từ cuối thế kỷ 17 và 18 lại cho thấy một số khác biệt giữa chế độ ăn uống của họ so với những người nông dân đơn thuần. Họ được cho là đã tránh các loại thực phẩm đặc biệt cay nồng, vì những loại thực phẩm đó sẽ khiến cơ thể có mùi và kẻ thù có thể phát hiện ra họ khi ẩn thân, Hisamatsu cho biết thêm.
Tỏi, tỏi tây và các loại thực vật họ hành đều không có trong thực đơn, ngay cả những loại thịt đỏ cũng không được sử dụng bởi hầu hết mọi người sinh sống vào thời trung cổ của Nhật Bản đều theo Phật giáo hoặc Thần đạo, bởi vậy đa số mọi người đều ăn chay.
Trên thực tế, có một cơ sở khoa học cho vấn đề này, các chương trình nghiên cứu gần đây đã chứng minh có sự thay đổi trong mùi cơ thể của những người đàn ông ăn chay, trong khi đó những người ăn tỏi, các loại rau gia vị nhiều thì sẽ có mùi cơ thể nặng hơn so với người bình thường.
Hisamatsu cho biết thêm, các Ninja rất chú ý tới vòng eo của mình bởi đó là điều kiện them chốt để họ giữ được sự nhanh nhẹn. Theo một số ghi chép, trong giới Shinobi có một nguyên tắc ngầm đối với tất cả các Ninja - họ không nên nặng quá 60kg, trọng lượng tiêu chuẩn của một bao gạo.
Trên thực tế, điều này có nghĩa là những Ninja sẽ có một chế độ ăn hết sức đơn giản nhưng vẫn phải đầy đủ dinh dưỡng để họ đủ nhẹ để có thể ẩn thân một cách dễ dàng.
Bansenshukai một cuốn sách tiếng Nhật có chứa một bộ sưu tập kiến thức từ các gia tộc Ninja trong vùng Iga và Koga, nó được xem là một trong những văn bản cổ nổi tiếng nhất về Ninja, mặc dù nó có từ năm 1676, rất lâu sau thời kỳ hoàng kim của những Ninja.
Cuốn sách đó là một kho tài liệu được rút ra từ triết lý quân sự Trung Quốc, và nó cũng gần giống như một cuốn sách chứa những kiến thức Ninjutsu, và quá trình đào tạo ra những Ninja huyền thoại.
Ngoài ra, cuốn sách này cũng hướng dẫn cách làm "hunger pills" - thực phẩm chống đói được sử dụng trong những chuyến đi dài hoặc khi thực phẩm trở nên khan hiếm.
Hunger pills là một loại thực phẩm kết hợp khoai mỡ Nhật Bản, quế, gạo nếp và đài sen, hay nó cũng là một loại bột từ vỏ cây thông, nhân sâm và gạo trắng, sau đó nặn thành viên rồi hấp chúng.
Hunger pills sẽ giúp họ không bị chết đói, ngay cả khi những Shinobi này không ăn gì khác trong vài ngày.
Các tính toán hiện đại cho thấy mỗi viên hunger pills có khoảng 300 calo, tuy không đủ cho một bữa ăn, nhưng có lẽ chúng cũng đáp ứng đủ dinh dưỡng để những Ninja có thể duy trì hoạt động.
Bảo tàng Ninja Iga-ryu cũng mô tả một loại thực phẩm khác giúp Ninja không bị mất nước, chúng được làm bằng bột umeboshi nghiền, nấm, lúa mạch đen và đường kết tinh, đây là một loại thực phẩm được kết hợp từ những thực phẩm giàu chất điện giải thường được sử dụng để chữa trị nôn nao.
Những viên thực phẩm này cũng rất quan trọng đối với các trinh sát đường dài. Việc Ninja có thực sự ăn theo cách mà các văn bản mô tả hay không cho tới nay vẫn còn là điều bí ẩn.
Ngay từ những năm 1670, mọi người đã đồn đại Ninja giống như một loại khí chết người, họ nhẹ hơn không khí, có khả năng xâm nhập vào các khu vực không thể xâm phạm, kỹ năng ẩn thân thượng thừa tới mức không thể phát hiện ra họ ngay cả khi đánh hơi.