1. Ưu tiên các nghiên cứu mang tính ứng dụng cao trong các ngành mũi nhọn như công nghệ sinh học, công nghệ thông tin, vật liệu mới... để chọn, tạo nhiều giống cây, con và quy trình nuôi trồng, bảo quản, chế biến, phục vụ các ngành hàng chủ lực.
2. Nghiên cứu phát triển các sản phẩm thích nghi tốt tại Đồng bằng sông Cửu Long như thủy cầm phù hợp với mùa nước nổi, nước mặn, các sản phẩm từ rừng có thể phát triển thành hàng hóa.
3. Phục tráng, tuyển chọn, lai tạo, nhập nội cải tiến hệ thống giống chất lượng cao, thích nghi tốt; phát triển các trạm, trại cung cấp giống.
4. Nghiên cứu công thức thức ăn tốt, phù hợp nhất cho thủy sản, tổ chức sản xuất để làm chủ nguồn cung cấp.
5. Cải tiến kỹ thuật và ứng dụng công nghệ cao để sản xuất khép kín, canh tác nông nghiệp chính xác.
6. Nghiên cứu kỹ thuật canh tác hữu cơ, vững bền, thân thiện với môi trường trong các hệ thống canh tác luân canh, xen canh, sinh thái.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cũng cho rằng cần phát triển Viện Lúa, Viện Cây ăn quả, Viện Thủy sản tại vùng Đồng bằng sông Cửu Long thành các viện quốc tế cấp vùng, khuyến khích phát triển theo hướng liên doanh với doanh nghiệp và các viện quốc tế.