Nông nghiệp thâm canh gây ra nhiều tác động tiêu cực đến hệ sinh thái: thông qua tăng cường các đầu tư hóa học và cơ khí nhằm tăng sản lượng thu hoạch (dưới dạng sinh khối) từ hệ thống. Các tác động này dẫn đến ô nhiễm và suy thoái tài nguyên – làm giảm sút sức sản xuất của hệ sinh thái nông nghiệp, chất lượng môi trường sống và sức khỏe con người.