Mặc dù nhiều thế mạnh, nhưng gần đây sự phát triển của Vùng Kinh tế trọng điểm phía Nam có sự chững lại. Để khu vực này phát triển tương xứng với tiềm năng, cần phải tập trung tháo gỡ những điểm nghẽn về: Phát triển hạ tầng giao thông; đào tạo nguồn nhân lực; cải cách thủ tục hành chính và bảo đảm an sinh xã hội.