Trong lúc nuôi trồng thủy sản thường bị cho là liên quan đến việc gây suy giảm chất lượng nước, tạo điều kiện cho các loài nuôi xâm lấn, hủy hoại môi trường sống ven biển,... nhiều bằng chứng lại cho thấy việc nuôi một số loài nhuyễn thể và rong biển còn đem đến lợi ích không ngờ cho hệ sinh thái.