Đối với các chuyên ngành thuộc ngành Khoa học quân sự và ngành Khoa học an ninh liên quan đến bí mật nhà nước thuộc lĩnh vực quốc phòng, an ninh thì bài báo trên tạp chí quốc tế có uy tín được thay thế bằng các bài báo trên các tạp chí trong nước có uy tín.

Theo quyết định số 25/2020/QĐ-TTg ngày 31/8 sửa đổi, bổ sung một số điều về tiêu chuẩn, thủ tục xét công nhận chức danh giáo sư, phó giáo sư (trong Quyết định số 37/2018/QĐ-TTg năm 2018), đối với các chuyên ngành thuộc ngành Khoa học quân sự và ngành Khoa học an ninh liên quan đến bí mật nhà nước thuộc lĩnh vực quốc phòng, an ninh thì bài báo trên tạp chí quốc tế có uy tín được thay thế bằng các bài báo trên các tạp chí trong nước có uy tín của ngành Khoa học quân sự và ngành Khoa học an ninh (bài báo thay thế). Danh mục các tạp chí thay thế này trực thuộc các cơ quan xuất bản, viện trường trực thuộc thuộc Bộ Quốc phòng và Bộ Công An, nhà xuất bản uy tín gồm NXB Quân đội nhân dân và NXB An ninh nhân dân.

Tổng số điểm của các bài báo thay thế cho mỗi bài báo khoa học công bố trên tạp chí khoa học quốc tế có uy tín phải đạt 1,5 điểm trở lên và toàn bộ số điểm của các bài báo thay thế cho các bài báo khoa học công bố trên tạp chí khoa học quốc tế có uy tín không được tính vào tổng số điểm công trình khoa học quy đổi tối thiểu.

Đối với chức danh giáo sư, bài báo khoa học và bài báo thay thế được tính từ thời điểm sau khi ứng viên được công nhận đạt tiêu chuẩn chức danh phó giáo sư. Đối với chức danh phó giáo sư, bài báo khoa học và bài báo thay thế được tính từ thời điểm sau khi ứng viên bảo vệ thành công luận án tiến sĩ.