Cuốn sách, vì thế, tuy không phải là chuyên khảo tập trung giải quyết rốt ráo một vấn đề, nhưng lại cho thấy sự quan sát, tìm hiểu và kiến giải nhiều vấn đề lịch sử phức tạp khác nhau.Trong đó, sự giằng co và chuyển tiếp của các tư tưởng cũ mới, sự va chạm và tiếp xúc của xã hội truyền thống với phương Tây hiện đại, những khuất lấp chưa dễ đánh giá trong hoạt động của giới sĩ phu xuất thân Nho giáo, có thể coi là điểm nhấn trọng tâm của cuốn sách.
Trước tiên, hãy dừng lại ở giai đoạn cuối thế kỉ XIX đầu thế kỉ XX, tương đương với thời điểm suy tàn của nhà Nguyễn trước sự xâm lược của thực dân Pháp, cuốn theo nhiều thay đổi lớn lao của đời sống xã-hội cũng như các nhân vật “cộm cán” mà việc đánh giá, nhìn nhận về họ chưa bao giờ ngã ngũ. Trong thực tế, câu chuyện ứng xử với chủ nghĩa đế quốc phương Tây phức tạp ngay từ khi tầng lớp Nho sĩ cảm thấy lúng túng phải lựa chọn một lối đi, một cơ hội hành động và thể hiện mình. Sự cai trị của thực dân, theo Nguyễn Thế Anh, đã “gây ra một cuộc khủng hoảng về văn hóa” bởi hệ thống quan niệm về vũ trụ, về tổ chức xã hội của Nho giáo sẽ bị thử thách khá nghiệt ngã. “Chế độ quan liêu Nho giáo - Nguyễn Thế Anh nhấn mạnh, là phần tổ chức quan trọng hàng đầu của xã hội Việt Nam truyền thống chịu tác động đầy đủ nhất của chủ nghĩa thực dân, những nạn nhân đầu tiên dưới sự cai trị của nước ngoài là những vị quan, họ phải nhượng bộ, hoặc ít nhất cũng chia sẻ quyền lực và đặc quyền với những người mới”.
Trong tình thế khó chấp nhận này, nho sĩ, đặc biệt là những người còn mặn mà với lí tưởng trung quân, đã nổi dậy hưởng ứng phong trào Cần Vương. Bất chấp phong trào thất bại, khi Hàm Nghi bị bắt (1888), sự trung thành và giấc mộng nuôi dưỡng chủ nghĩa trung quân vẫn còn đó. Tư tưởng trung quân bền bỉ trong bộ phận quan lại cũng giúp cho nhà nước quân chủ không sớm bị thực dân hóa quyền lực triệt để. Tuy nhiên, điều trớ trêu là, “triều đình Huế đã đánh đổi chủ quyền của quốc gia lấy sự sống còn cho mình”. Và vì triều đình đã từ bỏ vai trò của mình, lòng trung thành của nhân dân sẽ không còn, phong trào Cần Vương và sau đó, vào cuối XIX, các hoạt động kháng Pháp của sĩ phu Nho giáo cũng lần lượt sụp đổ. Ái quốc, từ đó, không còn đồng nghĩa với trung quân. Ái quốc cởi mở chấp thuận cả sự đả phá, nhận ra thiếu sót trong những những giá trị thuộc về chế độ quân chủ nhà Nguyễn.
Trong quan điểm của Nguyễn Thế Anh, sự mất dần vị thế của tầng lớp Nho sĩ chứa nhiều trạng thái xung đột bên trong tư tưởng hơn là những thua cuộc chính trị bề ngoài. Bởi khi đã nhận ra sự vượt trội của phương Tây, họ cũng đồng thời nhìn lại sự bế tắc không lối thoát mà chính mình đang lâm vào. Một giai đoạn nghi ngờ, tự kiểm tra nhận thức và sau đó là bắt đầu cải tổ sâu sắc, theo Nguyễn Thế Anh, đánh dấu bước chuyển lớn về mặt tư tưởng của nho sĩ. Họ từ bỏ các khái niệm Khổng học cũ về lòng trung thành, họ nhắm đến mục tiêu lật đổ sự cai trị của thực dân, và đặc biệt, họ tha thiết “lấy lại được độc lập đã bị mất và đồng thời khôi phục xã hội”.
Những mục tiêu đề ra khiến họ nỗ lực thay đổi hiểu biết của dân chúng: chuyển khái niệm nhà nước kiểu quan hệ vua tôi sang nhà nước dựa trên quyền công dân và lòng yêu nước. Hai đại diện tiêu biểu nhất cho đường lối này là Phan Bội Châu và Phan Chu Trinh. Trong khi Phan Bội Châu “mơ về một cuộc cải cách kiểu Minh Trị ở Việt Nam để có thể duy trì nền quân chủ Việt Nam như một hình thức biểu tượng” thì Phan Chu Trinh lại tin rằng “sự có mặt của người Pháp ở Việt Nam có thể có những kết quả tích cực, đưa đến sự truyền bá những tư tưởng tiến bộ của văn minh phương Tây”.
Tuy khác nhau trong ý thức tấn công chế độ quân chủ và đều hướng đến mục tiêu xây dựng xã hội Việt Nam mới nhưng cả hai chí sĩ họ Phan đều ít nhiều chưa thể thoát khỏi từ trường Nho giáo. Thậm chí, sử gia Nguyễn Thế Anh cho rằng, Phan Bội Châu “thực sự là một sản phẩm điển hình của Việt Nam truyền thống đến mức không thể tiếp thu đầy đủ đến tận gốc một thế giới mới”. Do vậy, tiếng nói của họ chỉ kịp vang lên trong một giai đoạn ngắn và chưa thể tạo ra mãnh lực đủ lớn để tách dân chúng thoát khỏi hoàn toàn chế độ quân chủ của nhà Nguyễn. Các sự kiện như vua Thành Thái bị quản thúc (1907) rồi lưu đày (1916), vua Duy Tân bị bắt và an trí (1916) vẫn gây xáo động tâm tư dân chúng. Rõ ràng, dù bị bảo hộ và lấn át, “nhà vua vẫn là biểu tượng của truyền thống và đại diện cho quốc gia”.
Kết quả cách mạng bất thành của các trí thức xuất thân Nho giáo cho phép chúng ta hiểu rõ hơn sự đối lập giữa các thế hệ gối tiếp. Khi thực dân phá vỡ hoàn toàn sự thống nhất quốc gia bằng cách lập ba chế độ chính trị khác nhau ở ba miền thì thế hệ trí thức tân học, trẻ hơn và không bị ràng buộc quá nhiều trong quá khứ, như Nguyễn An Ninh (1900-1943), đã thẳng thắn phê phán Khổng giáo, coi đó như một “bản sao văn hóa thô ráp” từ Trung Hoa. Tuy vậy, đáng chú ý thay, chính sự công kích dữ dội vào giới nho sĩ thủ cựu đã khiến việc khôi phục Nho giáo trở nên rõ nét trong những năm 1920-1930 mà chủ trương cũ (Khổng giáo) mới (văn minh, kĩ nghệ phương Tây) hài hòa của Phạm Quỳnh là một ví dụ.
Chính quyền thực dân cũng nhận ra sự hữu dụng của truyền thống tam cương như một cách thức kiểm soát xã hội nên sau 1931, Nguyễn Thế Anh cho biết, “đã đặt ra việc khôi phục hoặc củng cố các giá trị đạo đức Khổng giáo”. Cho dù Hán học và khoa cử theo Hán học đã bị bãi bỏ vào năm 1919, nhiều di sản Nho giáo vẫn còn tồn tại trong ngôn ngữ, văn hóa, văn chương. Vì thế, không thể nói những trí thức giai đoạn này, bao gồm cả những người hoạt động cách mạng, hoàn toàn là sản phẩm của giáo dục và tư tưởng phương Tây.
Phân tích của Nguyễn Thế Anh, như vậy, cho thấy giới tinh hoa Việt Nam có nhiều đường hướng và quan điểm trong giai đoạn thực dân đô hộ. Sử gia này coi Huỳnh Thúc Kháng như một trường hợp tiêu biểu minh chứng cho “sự trường tồn của Khổng giáo”. Huỳnh Thúc Kháng lựa chọn đường hướng cải cách phi bạo lực, sử dụng tờ báo Tiếng Dân (1927-1943) như một phương tiện truyền bá, thay đổi hiểu biết của dân chúng về sinh kế, lề thói, phong tục... Chủ trương cải cách xã hội bằng giáo dục và văn hóa, do đó, đã tạo dựng nên ở Huỳnh Thúc Kháng hình ảnh “người thầy giáo của nhân dân Trung Kỳ”. Và đúng như phẩm hạnh và lối sống của một nhà Nho chân chính, ông cũng không ngần ngại thể hiện sự khắt khe với nhiều vấn đề đạo đức mà sự chế giễu, phê phán Truyện Kiều là rõ rệt nhất. Đáng kính, nhưng một lần nữa, cả Huỳnh Thúc Kháng và Tiếng Dân, “dường như vẫn đi sau thời đại”. Tiếng Dân khép lại 16 năm tồn tại mà không có một lời tạm biệt chính thức với độc giả. Vận hội của Việt Nam, ở thời điểm hiện đại hóa bắt đầu ngấm dần và lan rộng, quả nhiên, không có nhiều ưu ái cho sĩ phu, trí thức xuất thân cửa Khổng sân Trình.