Tiến sĩ Álvaro Gaitán, giám đốc Viện Cenicafe, cho biết nhiều thập kỷ qua, Viện đã nỗ lực nghiên cứu để tiêu diệt một loại nấm làm rụi lá cà phê và Broca - nhộng loại bọ cánh cứng đục quả cà phê. Mối đe dọa thứ ba là một loại nấm khác xuất hiện sau mỗi trận mưa và là nguyên nhân rụi chồi cà phê, không chỉ có ở châu Mỹ mà còn ở vùng Trung và Đông Phi.
Vào giai đoạn 2008-2011, khi cà phê rụi lá, lượng cà phê của Colombia giảm xuống 31%. TS. Roberto Vélez, CEO của Hiệp hội Cà phê Colombia, cho biết, Colombia cũng đã có những giống cà phê kháng bệnh. “Bây giờ nếu điều đó xảy ra, chúng tôi đã có 70% diện tích của những cây kháng bệnh”.
Kể từ khi Cenicafe bắt đầu được xây dựng, đã có nhiều giống cà phê được viện tạo ra có khả năng kháng lại sự phát triển của nấm, một trong số đó là Cenicafe 1 không chỉ nấm mà còn là sâu bọ. Loài cây này là kết quả của 20 năm nghiên cứu. Nếu không hữu dụng của Colombia, Cenicafe 1 còn có khả năng trồng được ở nhiều nơi khác, ví dụ như Sri Lanka, một trong những thủ phủ cà phê vào giữa những năm 1800, trước khi bị cây chè chiếm lĩnh vị thế.
Theo TS. Álvaro Gaitán, nỗi đe dọa lớn nhất là bệnh rụi (CBD), tấn công trực tiếp quả cà phê và là nguyên nhân thiệt hại mùa vụ và nếu có diệt trừ thì cũng tốn kém. “Ngày nay Colombia đã có những giống cây có khả năng kháng được loại bệnh này nhưng nhiều quốc gia khác thì chưa có. Nếu bệnh rụi này xuất hiện nhiều ở châu Mỹ và châu Phi, hoặc những nơi chịu nhiều ảnh hưởng của biến đổi khí hậu thì hậu quả không thể lường hết được”.
Một mối đe dọa khác cho ngành công nghiệp này là giá cả thị trường được ấn định ở New York và có khi nguồn cung cấp lại chuyển sang Brazil với giá cả dễ chịu hơn Colombia. Và nếu điều đó xảy ra, các nông dân sản xuất quy mô nhỏ cần giảm thiểu chi phí sản xuất và gia tăng chất lượng theo cách khác để có thể cạnh tranh với sản phẩm từ Việt Nam và Brazil. Nhằm hỗ trợ những người nông dân, các kỹ sư nông nghiệp của Cenicafe chuyển các kiến thức khoa học thành lời khuyên thực tế về giống, kỹ thuật gieo trồng, giảm thiểu nước tưới và sử dụng thuốc trừ sâu.
Giáo sư Sylvain Charlebois cho biết, biến đổi khí hậu có thể làm gián đoạn thị trường cà phê toàn cầu trong tương lai. Để giải quyết vấn đề này, theo TS Álvaro Gaitán “chúng tôi phải tạo ra được giống mới ưu việt hơn song song với việc nghĩ về những nguồn đe dọa mới có khả năng ảnh hưởng đến thế hệ tiếp theo của những người trồng cà phê, không chỉ ở Colombia”.