Cụ thể, Vụ Kế hoạch - Tổng hợp và Vụ Tài chính được sắp xếp lại thành Vụ Kế hoạch - Tài chính. Trung tâm Tin học và Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển quốc gia về công nghệ được sắp xếp, tổ chức lại thành Trung tâm Công nghệ thông tin. Bộ cũng sắp xếp, tổ chức lại Viện Chiến lược và Chính sách KH&CN, Trường Quản lý KH&CN thành Học viện Khoa học, Công nghệ và Đổi mới sáng tạo. Tạp chí Tia Sáng được sáp nhập vào Báo Khoa học và Phát triển để trở thành một ấn phẩm của báo. Vụ Khoa học xã hội và tự nhiên được đổi tên thành Vụ Khoa học xã hội, nhân văn và tự nhiên.
Do Nghị định 95 có hiệu lực từ ngày 16/8/2017 nên để đảm bảo tính pháp lý trong hoạt động của các đơn vị, Bộ trưởng Bộ KH&CN quyết định: Các đơn vị không có sự thay đổi so với Nghị định 20/2013/NĐ-CP trước đây tiếp tục tổ chức và hoạt động theo quy định hiện hành đến khi có quyết định mới của Bộ trưởng. Với các đơn vị được kiện toàn, sắp xếp, tổ chức lại, Bộ trưởng đã ban hành theo thẩm quyền quy định tạm thời về tổ chức và hoạt động.
Đối với Viện Chiến lược và Chính sách KH&CN, Trường Quản lý KH&CN, Văn phòng các chương trình trọng điểm cấp nhà nước, Bộ trưởng đã ban hành quyết định cho phép duy trì tổ chức, hoạt động theo quy định hiện hành cho đến khi Thủ tướng ban hành quyết định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Học viện Khoa học, Công nghệ và Đổi mới sáng tạo, danh sách các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc bộ.
Về nhân sự, đối với các đơn vị được kiện toàn, sắp xếp, tổ chức lại, đổi tên, Bộ trưởng đã ban hành quyết định điều động hầu hết các lãnh đạo đơn vị cũ đến nhận chức vụ tương đương tại đơn vị mới, điều chuyển nguyên trạng công chức, viên chức và lao động hợp đồng từ các đơn vị cũ đến nhận công tác tại đơn vị mới. Việc điều chuyển được thực hiện theo nguyên tắc đảm bảo ổn định về tư tưởng của công chức, viên chức và người lao động, không làm ảnh hưởng, gián đoạn công việc, có sự sắp xếp phù hợp với năng lực cán bộ và yêu cầu nhiệm vụ.