Lông của chúng có màu nâu xám nhạt, xám đậm hoặc xám trắng tùy thuộc vào môi trường sống với bụng trắng.
Sóc bay lùn Nhât Bản có đôi mắt to tròn rất đáng yêu. Đuôi của chúng dẹt.
Chúng có màng nối giữa cổ chân trước và mắt cá chân sau giúp chúng dễ dàng nhảy từ cây này qua cây khác.
Ban ngày, sóc bay lùn Nhật Bản thường ẩn nấp trong thân cây và hoạt động kiếm ăn về đêm.
Thức ăn yêu thích của sóc bay lùn Nhật Bản là chồi, lá, vỏ cây, hoa quả và một số loại hạt.
Sóc bay lùn Nhật Bản thường làm tổ trong các hốc cây hoặc điểm chéo giữa các nhánh và thân cây. Chúng thường lấy lá thông, cây vân sam lót tổ.
Sóc bay lùn Nhật Bản thường sinh 2 lứa/năm.
Thời gian mang thai của sóc bay lùn Nhật Bản khoảng 4 tuần.
Mỗi lứa sóc bay lùn Nhật Bản sinh từ 2-3 con.
Sóc con được nuôi bằng sữa mẹ và sẽ được cai sữa sau 6 tuần tuổi.
Chú sóc ẩn nâp trong hốc cây thông.