Nhìn chung cả hệ thống nghiên cứu nông nghiệp quốc gia của Việt Nam rất cồng kềnh, tốn kém, và còn trong mô hình hoạt động truyền thống. Vì vậy, để có thể nâng cao hiệu quả trong nghiên cứu, trước mắt cần chuyển từ hệ thống nghiên cứu nông nghiệp quốc gia sang hệ thống đổi mới nông nghiệp.