Việc huy động nguồn vốn và các nguồn tài trợ khác cho các hoạt động cơ sở ươm tạo, đặc biệt là các cơ sở ươm tạo công nghệ cao vẫn còn gặp nhiều khó khăn. Trong khi đó, cơ sở vật chất của các cơ sở ươm tạo chưa đáp ứng đủ các nhu cầu của doanh nghiệp khởi nghiệp.