Thông tư 121 của Bộ KH&CN quy định, các trung tâm ứng dụng tiến bộ KH&CN thực hiện nhiệm vụ thường xuyên theo chức năng được ngân sách nhà nước cấp kinh phí. Tuy nhiên, thông tư 29 lại không xác định nhiệm vụ đó là gì, khiến các trung tâm gặp nhiều khó khăn.