Theo kết quả nghiên cứu từ đề tài “Quy trình giám sát môi trường cảng thủy nội địa cho khu vực phía Nam” do Cục Đường thủy nội địa Việt Nam thực hiện, hoạt động tại các bến cảng thủy nội địa đang có những tác động xấu đến môi trường. Tuy nhiên, việc áp dụng công nghệ để xử lý, giám sát ô nhiễm môi trường tại đây chưa được chú trọng.