Bên cạnh các hoạt động tài trợ cho nghiên cứu cơ bản, lần đầu tiên kể từ năm 2019, Quỹ NAFOSTED mở tài trợ cho các hoạt động nghiên cứu ứng dụng một cách có hệ thống nhằm mở rộng các kết quả nghiên cứu cơ bản phù hợp với nhu cầu và đặc thù của Việt Nam và tạo công nghệ mới có khả năng triển khai, hoàn thiện đưa vào sản xuất và đời sống.