Trong 30 năm làm công nghệ sinh học, GS-TS Lê Huy Hàm chủ trì gần 200 công trình nghiên cứu khoa học, đặc biệt làlai tạo và nhân giống. Mới đây, ông và cộng sự đã thành công trong việc nâng mức chịu mặn và ngập úng cho một số giống lúa để ứng phó với biến đổi khí hậu.