Ra mắt vào ngày 9/9/2019, Viện Khoa học bền vững (Institute of Sustainability Science ISS) là viện nghiên cứu đầu tiên của Trường ĐH Việt Nhật, ĐHQGHN, và GS. Jun Nakajima – ĐH Ritsumaikan (Nhật Bản), đồng Giám đốc Chương trình đào tạo Thạc sĩ Kỹ thuật môi trường ĐH Việt Nhật, làm viện trưởng.