Ngay khi bắt đầu triển khai hoạt động năm 2008 Cơ quan điều hành Quỹ Nafosted đã rất chú trọng phát triển hợp tác với các cơ quan tài trợ ở các nước tiên tiến, để có thể học hỏi mô hình quản lý và các tiêu chí đánh giá lựa chọn đề tài nghiên cứu theo chuẩn mực quốc tế.