Theo Quyết định 1325/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về việc tổ chức lại Ban chỉ đạo các Chương trình khoa học và công nghệ quốc gia (Ban chỉ đạo), Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam giữ vị trí Trưởng Ban chỉ đạo, Bộ trưởng Bộ KH&CN Chu Ngọc Anh làm Phó trưởng Ban chỉ đạo.
Ngày 7/7/2016, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc đã ký Quyết định về việc tổ chức lại Ban chỉ đạo các Chương trình KH&CN quốc gia. Theo Quyết định 1325/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, ba Ban chỉ đạo của các Chương trình phát triển sản phẩm quốc gia đến năm 2020, Chương trình quốc gia phát triển công nghệ cao đến năm 2020 và Chương trình đổi mới công nghệ quốc gia đến năm 2020 được tổ chức lại. Đồng thời thành lập một Ban chỉ đạo các Chương trình khoa học và công nghệ quốc gia (Ban Chỉ đạo).
Phó Thủ tướng Chính phủ Vũ Đức Đam làm Trưởng Ban Chỉ đạo. Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ làm Phó trưởng Ban Chỉ đạo.
Các Ủy viên Ban Chỉ đạo gồm đại diện lãnh đạo các bộ, cơ quan: Bộ Khoa học và Công nghệ; Bộ Kế hoạch và Đầu tư; Bộ Tài chính; Bộ Y tế; Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Bộ Công Thương; Bộ Quốc phòng; Văn phòng Chính phủ.
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều phối hoạt động giữa các Bộ, ngành, địa phương và các cơ quan, tổ chức có liên quan trong việc triển khai thực hiện các nội dung nhiệm vụ của Chương trình phát triển sản phẩm quốc gia đến năm 2020, Chương trình quốc gia phát triển công nghệ cao đến năm 2020 và Chương trình đổi mới công nghệ quốc gia đến năm 2020.
Quy chế hoạt động của Ban chỉ đạo các Chương trình KH&CN quốc gia sẽ do Trưởng Ban chỉ đạo ban hành. Trưởng Ban chỉ đạo cũng sẽ phân công nhiệm vụ cụ thể cho các thành viên Ban chỉ đạo.
Bộ Khoa học và Công nghệ là cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo, có trách nhiệm bảo đảm các điều kiện hoạt động của Ban Chỉ đạo và sử dụng bộ máy của mình để tổ chức thực hiện nhiệm vụ của Ban Chỉ đạo. Cơ quan chuyên trách giúp việc Ban Chỉ đạo là Văn phòng các Chương trình khoa học và công nghệ quốc gia thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ.
Tường Huy