Thay vì bỏ phiếu kín, việc chọn ra các công trình để xét Giải thưởng Hồ Chí Minh, Giải thưởng Nhà nước về KH&CN đợt 5 được thực hiện theo hình thức bỏ phiếu buộc các ủy viên hội đồng thể hiện chính kiến bằng cách ký tên vào từng lá phiếu ghi rõ thông tin về mình.