Cụ thể, bể lọc xử lý nước được thiết kế gồm ba ngăn: bể 1 lọc thô (chủ yếu lọc rác, xác động thực vật cũng như địch hại của sò huyết trong nước); bể 2 lọc tinh (lọc các mùn bã mịn trong nước); bể 3 được lắp đặt hệ thống đèn UV để diệt khuẩn, giúp hạn chế sự tồn tại của mầm bệnh trong nước nuôi.
Bên cạnh đó, ao chứa nước sau xử lý được lót bạt, bổ sung chế phẩm vi sinh (chế phẩm probiotic trong xử lý nước do Xưởng sản xuất sinh học thực nghiệm thuộc Trung tâm sản xuất) với liều 100g/1.000 m³ nhằm giảm chất hữu cơ dư thừa và hạn chế vi khuẩn gây hại. Nhiệt độ nước thích hợp cho ương nuôi sò huyết giống được xác định từ 26,7 – 31,5oC, độ mặn 20-27‰, pH từ 7,5-8,3, hàm lượng oxy hòa tan 5-5.6mg/l.
Ngoài ra, tảo giống - gồm Chaetoceros sp., Nannochloropsis sp., Isochrysis sp. - được nuôi cấy trong điều kiện phòng thí nghiệm trước khi nhân sinh khối trong ao. Mật độ cực đại (giúp đảm bảo đủ dinh dưỡng và ổn định chất lượng nước trong quá trình ương nuôi) của các giống tảo Chaetoceros sp., Isochrysis sp. và Nannochloropsis sp. lần lượt đạt 0,43 × 10⁶ tb/ml, 11,16 × 10⁶ tb/ml và 20,57 × 10⁶ tb/ml. Đây là các giống tảo giàu dinh dưỡng, kích thước nhỏ, thay thế cho việc gây màu lên tảo trực tiếp (là quá trình tạo môi trường thuận lợi cho tảo phát triển bằng cách bón phân kích thích tảo phát triển, kiểm soát môi trường nước cho đủ ánh sáng, độ kiềm,… Cách này vừa không đảm bảo dinh dưỡng, thành phần thức ăn cho ương nuôi vừa khó kiểm soát chất lượng nước ao ương).