Mặc dù vậy, Chu Nguyên Chương vẫn chưa yên tâm. Ông cảm thấy thái tử Chu Tiêu bản chất trung hậu nhu nhược không thể trấn áp được các công thần. Bởi thế, 10 năm sau khi giết Hồ Duy Dung, Chu Nguyên Chương lại dựng tù ngục, dùng tội danh “thông đồng với Hồ Duy Dung, mưu đồ làm phản để giết một lượng lớn các công thần, lão tướng như Lý Thiện Trường, Lục Trọng Đình, Đường Thắng Tông...
Theo sách "16 hoàng đế triều Minh" của Vương Thắng Hữu chủ biên thì “Những người liên lụy bị tù, bị giết đã tới trên 3 vạn người”. Minh Thái Tổ còn biên soạn một tài liệu là “chiêu thị gian đảng lục” để công bố những kẻ bị kết tội mưu phản ra khắp thiên hạ. Vụ việc dây dưa kéo dài tới mấy năm vẫn chưa xong gây nhiều hoang mang. Trong số các công thần bị giết, vụ của Lý Thiện Trường là một điển hình. Khi đó Lý Thiện Trường đã 70 tuổi, bị vua ban cái chết, cả gia quyết già trẻ gồm trên 70 người nhà ông cũng bị chết theo.
Đến năm Hồng Vũ thứ 25, Chu Nguyên Chương lại gán cho Lương Quốc Công Lam Ngọc tội mưu phản để bỏ tù. Sau đó vua công bố một danh sách nghịch thần , họ hàng thân tộc của họ. Tất cả số bị giết lên tới một vạn 5 nghìn người. Tính con số tất cả, trong 14 năm, hoàng đế Chu Nguyên Chương đã giết 45.000 người, chủ yếu là các công thần, lão tướng và họ hàng thân tộc của họ. Ảnh: Tạo hình Chu Nguyên Chương trên phim ảnh.
Vì sao ông vua này lại độc ác như vậy? Có hai lý do để lý giải điều này. Thứ nhất, các công thần giúp Chu Nguyên Chương giành được giang sơn đã được hưởng những sự phong thưởng quá lớn nhưng họ lại không yên phận. Sau khi Chu Nguyên Chương đã lên ngôi, triều đình đã được thiết lập, pháp luật đã được ban bố mà các công thần lại nhiều khi cậy công lao không coi pháp luật ra gì. Ảnh: Tạo hình Chu Nguyên Chương trên phim ảnh.
Vào tháng 8 năm Hồng Vũ thứ 5 (1372), vì các công thần cậy công lao cũ, có hành vi chống lại luật pháp như chiếm ruộng đất của dân và buôn lậu, Chu Nguyên Chương đã gợi ý bộ Công đúc một bảng sắt để khuyên răn. Đại ý trong bảng sắt nói: “Không được cậy có công lớn mà sinh lòng kiêu ngạo, không được cậy có tước cao mà sinh ra biếng nhác, thì nước có thể được hưởng vinh thịnh, kéo dài cho hậu thế. Kính trọng cần mẫn là gốc của phúc, kiêu ngạo là nguồn chuốc lấy tai họa. Chỉ những người hiểu biết mới có thể nói được những lời này”. Nhưng sau đó các công thần vẫn không sửa đổi nên Chu Nguyên Chương quyết định hạn chế và đả phá họ. Ảnh: Tạo hình Chu Nguyên Chương trên phim ảnh.
Thứ hai, việc giết các công thần có lý do chính là để dọn đường cho các con vua nối ngôi được dễ dàng. Điều này được chính Chu Nguyên Chương nói ra. Sách "16 hoàng đế nhà Minh" chép rằng: “Việc giết hại hàng loạt công thần đã vấp phải sự phản đối của Thái tử Chu Tiêu. Từ nhỏ Thái tử đã hấp thụ sự giáo dục hoàn toàn Nho học, sau khi lớn lên nghiễm nhiên trở thành một Nho gia. Phương châm trị quốc của hai cha con đã nảy sinh ra sự phân kỳ, một người kiên quyết dụng hung mãnh để trị quốc, một người lại hết sức cố gắng nhân hậu và khoan dung. Thấy Chu Nguyên Chương tàn sát bừa bãi, Thái tử không chịu đựng nổi đã khuyên can: "Bệ hạ đã giết quá nhiều người, e rằng sẽ thương hại tới hòa khí!". Ảnh: Tạo hình Chu Nguyên Chương trên phim ảnh.
Ngay lúc đó Chu Nguyên Chương không nói gì. Sang ngày hôm sau, ông gọi Thái tử đến, chỉ vào một cái cây trên thân mọc đầy gai đặt ở dưới đất, bắt Thái tử nhặt lên. Thái tử sợ gai đâm vào tay, do dự chưa ầm lên. Tức thì Chu Nguyên Chương nói với Thái tử: "Ta sợ con cầm lên khó, ta đã đẽo sạch gai đi cho con, có lẽ nào lại không tốt chăng? Hiện tại những người mà ta giết đều là những người có nguy hiểm cho quốc gia xã tắc, trừ sạch chúng đi, là điều rất có lợi cho con”. Ảnh: Tạo hình Chu Nguyên Chương trên phim ảnh.